Kaišiadorių rajonas randasi Lietuvos vidurio dalyje, Kauno apskrityje, tarp Kauno marių, Nemuno ir Neries. Rajonas ribojasi su Prienų, Kauno, Jonavos, Širvintų rajonais bei Elektrėnų savivaldybe. Jo plotas yra 1087 km², iš jų 54,84% yra dirbamos žemės plotai, 29,2% – pramonės įmonės ir keliai, 3,85% – vandenys, 2,48% – miestai ir gyvenvietės, 2,22% – pramonės įmonės ir keliai, 7,36% – kitos paskirties plotai.