Jonavos rajonas yra 35 km nuo Kauno miesto. Savivaldybės teritorija ribojasi su Kaišiadorių, Kauno, Kėdainių, Ukmergės ir Širvintų rajonų savivaldybėmis. Jonavos rajono savivaldybę sudaro 9 seniūnijos: Jonavos miesto, Bukonių, Šveicarijos, Kulvos, Ruklos, Šilų, Upninkų, Užusalių ir Žeimių. Jonavos rajono plotas – 944 kv.km, 38,9 proc. šios teritorijos užima miškai.

Jonavos rajonas